ท้องที่อำเภอสามร้อยยอดเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอปราณบุรีและอำเภอกุยบุรี ทางราชการได้แบ่งพื้นที่ตำบลสามร้อยยอด ตำบลศิลาลอย และตำบลไร่เก่า จากอำเภอปราณบุรี มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอสามร้อยยอด ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 และมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน ปีเดียวกัน โดยชื่ออำเภอมีความเป็นมาหลายกระแสบ้างว่าเป็นเพราะมีต้นสามร้อยยอดขึ้นอยู่ หรือมียอดเขามากมายถึง 300 ยอด แต่ที่คนส่วนใหญ่กล่าวขานกันจนเป็นตำนานสืบกันมาว่า ในสมัยที่เทือกเขายังเป็นเกาะอยู่ ได้มีเรือสำเภาจีนบรรทุกผู้โดยสารผ่านมา และได้ประสบกับลมพายุอย่างรุนแรง จึงได้นำเรือเข้ามาตามร่องน้ำด้านทิศตะวันตกของเกาะเพื่อหลบพายุ แต่เนื่องจากไม่ชำนาญพื้นที่เรือได้ชนกับหินโสโครกอับปางลง ผู้คนตะเกียกตะกายหนีขึ้นฝั่งได้ 300 คน จึงได้ตั้งชื่อว่า “เกาะสามร้อยรอด” ต่อมาระดับน้ำทะเลได้ลดลง เกาะจึงกลายเป็นภูเขา ชาวบ้านจึงเรียกเพี้ยนเป็น “เขาสามร้อยยอด”
ต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาโอนตำบลไร่ใหม่ จากอำเภอกุยบุรีมาอยู่ในเขตการปกครองของทางกิ่งอำเภอตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2539 ในที่สุดก็ได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็น อำเภอสามร้อยยอด ในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ซึ่งมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพการบริหารงานของหน่วยบริหารราชการส่วนภูมิภาค และถือเป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติเนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 80 พรรษา 5 ธันวาคม พ.ศ. 2550 และกลายเป็นอำเภอลำดับที่ 8 ของจังหวัดประจวบคีรีขันธ์
ที่ตั้งและอาณาเขต
อำเภอสามร้อยยอดตั้มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังต่อไปนี้
- ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอปราณบุรี
- ทิศตะวันออก ติดต่อกับอ่าวไทย
- ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอกุยบุรี และภาคตะนาวศรี (ประเทศพม่า)
- ทิศตะวันตก ติดต่อกับภาคตะนาวศรี (ประเทศพม่า)
- สามร้อยยอด เป็นอำเภอหนึ่งของจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ เป็นที่ตั้งของพระที่นั่งคูหาคฤหาสน์ซึ่งเป็นตราประจำจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้สร้างไว้เมื่อ พ.ศ. 2433 และอีกทั้งมีพื้นที่อยู่ในอุทยานแห่งชาติเขาสามร้อยยอด จัดเป็นอุทยานแห่งชาติประเภทชายฝั่งผสมผสานหมู่เกาะในทะเลแห่งแรกของไทย เป็นระบบนิเวศพื้นที่ชุ่มน้ำขนาดใหญ่แห่งหนึ่งในประเทศไทย และรับการประกาศให้เป็นพื้นที่ชุ่มน้ำที่มีความสำคัญระดับนานาชาติอนุสัญญาแรมซาร์ เมื่อวันที่ 14 ม.ค. 2551 เป็นพื้นที่ชุ่มน้ำระดับประเทศอันดับที่ 11 และเป็นพื้นที่ชุ่มน้ำระดับโลกหรือแรมซาร์ไซท์อันดับ ที่ 1,374